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10X Genomics

10X單細胞ATAC-seq

背景簡介



        ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色質易開放區域測序)是2013年由美國Stanford大學的William Greenleaf教授研發了一種全新的方法,利用DNA轉座酶結合高通量測序技術,來研究染色體的可進入性。ATAC-seq的原理是,染色質易開放區域測序)利用Tn5轉座酶切割染色質的開放區域,并加上測序引物進行高通量測序,通過生物信息分析鑒定轉錄因子結合位點和核小體區域位置,從而為研究基因調控、DNA 印記等提供有效的方法。通過研究特定狀態下開放染色質,可以在DNA水平研究基因轉錄調控。

        傳統的尋找全基因組范圍內開放的染色質區域采用的方式包括ATAC-seq、MNase-seq和DNase-seq,FAIRE-seq、chip-seq等。10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10x scATAC-seq)是10x Genomics新推出單細胞表觀基因組學水平上揭示染色質可接近性的研究策略。通過單細胞染色質可接近性圖譜構建,不僅能清晰了解染色質結構,還可以繪制高分辨率轉錄因子調控網絡,為深入了解疾病的診斷和治療鋪平道路。

 


 



技術優勢

 


可檢測單細胞轉錄調控區域中的開放染色質

每個通道可容納500-10000個細胞核

細胞核捕獲率高達65%

運用10x官方軟件和工具,可對單細胞基因調控網絡進行精細化分析




 


  

技術路線


 


 


 


分析內容


 


   




樣本類型


細胞懸液,組織、體液等(提供上門取樣服務)


 



代表性文章

Buenrostro J D , Corces M R , Lareau C A . Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation.[J]. Cell, 2018.

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