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基因組學

遺傳圖譜

背景簡介


        遺傳圖譜也叫連鎖遺傳圖譜(Genetic linkage map),是指基因或DNA分子標記在染色體水平上的相對位置與遺傳距離,通常以基因或DNA片段在染色體交換過程中的重組頻率來描述,單位為厘摩爾(cM)。例如兩個基因或兩個分子標記之間的遺傳距離為0.8cM表示減數分裂時的重組頻率為0.8%。這里的遺傳距離指的是相對距離而不是染色體上的物理距離。兩者的遺傳距離越近,發生重組的概率就會越低,反之亦然。

     數量性狀是指表型呈現連續變化的性狀,如株高抗病能力等容易受到多種因素的影響。控制數量性狀的基因在基因組上的位置被稱作數量性狀基因座(Quantitative Trait Locus, QTL)。

     尋找QTL在染色體上的位置并估計其遺傳效應,稱作QTL作圖(QTL mapping)。構建圖譜需要有大量的分子標記作為輔助,傳統的分子標記包括RFLP、SSR等。但是用這些標記去定位區間存在標記密度過低,構建費時費力等問題,逐漸被SNP標記給替代。利用全基因組重測序或簡化基因組測序的方法得到高密度的SNP標記定位QTL已經成為主流。



 


應用領域




QTL定位

通過表型性狀與標記間的關聯分析來確定各個

數量性狀位點在染色體上的位置、效應及各個

QTL間的 相互作用



 


輔助基因組組裝:

通過帶有序列信息的遺傳圖譜,將組裝的scaffold

行進一步的鏈接,并定位到染色體上,以獲得基

組精細圖譜



 

分子標記輔助育種:

獲得與性狀緊密連鎖的標記,根據標記序列設計

引物,直接應用于群體中的狀篩查




較基因組學研究:

利用高密度遺傳圖譜上標記的宏觀共線性,揭示

不同物種間染色體或片段上的共線性,分析相關

物種基因組結構和進化歷程




  



方案設計

 




 


分析內容


 





樣本類型和測序方案


取樣類型:具有重要性狀的親本,雜交或自交能產生后代。

子代群體包括暫時分離群體F1、F2和永久分離群體RIL、NIL等

作圖群體:父本母本各一個,子代數量150個起。隨機挑選作圖群體。

測序深度:親本20-30X,子代3-5X


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