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轉錄組學

全轉錄組測序

背景

        狹義的轉錄組默認只包含mRNA,但是廣義的轉錄組指的是細胞或組織中所有轉錄產物的集合,其中包含mRNA和非編碼RNA(non-coding RNA, ncRNA)。非編碼RNA目前的研究多集中在具有調控功能的small RNA(以miRNA為代表),長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和環狀RNA(circular RNA, circRNA)上,而這幾類ncRNA的調控對象都和mRNA有關。因此,全轉錄組即包含了ncRNAs和mRNA。全轉錄組測序即對以上四種ncRNA進行測序,并分析這四者之間復雜的相互作用關系。


 

技術優勢

文庫優化:針對不同長度序列采用兩種文庫構建方法,去核糖體鏈特異性文庫可獲得mRNA、lncRNA和circRNA信息。

數據全面:全轉錄組測序可獲取4類主要RNA(miRNA,mRNA,lncRNA,circRNA)數據,可對這些數據進行標準分析及整合分析

關聯全面:通過對mRNA /miRNA/lncRNA/circRN序列測定及后續分析,深入開展全轉錄組調控網絡(ceRNA網絡)分析





 



技術路線


 





 


分析內容


 






樣本類型


細胞,組織,體液、血清、血漿、全血,總RNA等

建議總RNA起始量:>15 μg,濃度≥200 ng/μL





近期用戶文章

1. Sun JC, et al. (2016) A computationally constructed ceRNA interaction network based on a comparison of the SHEE and SHEEC cell lines. Cell Mol Biol Lett 21 (1) :21.

2. Wang Wei, et al. (2017) Identification of miRNA, lncRNA and mRNA-associated ceRNA networks and potential biomarker for MELAS with mitochondrial DNA A3243G mutation. Scientific Reports 7 :41639.



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